后来慢慢的，兵部和五军都督府互相牵制，最后兵部完全凌驾于五军都督府之上，成为国家军事最高的管理结构。

这一变化过程，也是大明文武之间的博弈，因为五军都督府的官员基本都是勋贵，而兵部是文官。

即便权力不如以往，但五军都督府的指责基本没变，主要负责掌管军籍、管理地方卫所屯田，募兵、军粮调运等事务。

大明两京一十三省（现在十四省），共有府140个，州193个，县1138个，军事上由493个卫，259个所管辖，这就是卫所制。

五军都督府管着各省的指挥使司，各省指挥使司管理若干个卫，卫下辖一定数量的千户所和百户所。

五军都督府分为中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府，划片管辖地方卫所。

遇到战事，五军都督府得服从兵部安排，领军作战。

当然了，五军都督府可以推选将领，武官的世袭考核及任官比试，由兵部、五府共同主持。

也就是说，五军都督府的武将们，负责管理地方卫所军队，负责募兵、练兵、作战。

而兵部的文官老爷们，负责调兵。

经过与军机部几个勋贵的商议，朱慈烺正式改左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府为东军都督府，西军都督府，南军都督府，北军都督府。

加上不变的中军都督府，五军都督府重置，管辖的地方亦做出变动。

中军都督府，领导指挥直隶、浙江、福建境内所有武装力量，设都督府于直隶南京，由天武三军戍卫直。

东军都督府，领导指挥湖广、河南、江西境内所有武装力量，设都督府于湖广武昌，由安武军驻扎。

南军都督府，领导指挥广东、广西、云南、贵州境内所有武装力量，设都督府于云南昆明，由靖武军驻扎。

西军都督府，领导指挥陕西、四川境内所有武装力量，设都督府于陕西西安，由定西军驻扎。